概要
時は、Ｃ．Ｅ．（コズミック・イラ）………人類は地球だけでなく、宇宙で生活を営むことが可能となっていた。
自然な人間「ナチュラル」と、ナチュラルが遺伝子操作によって生み出した人間「コーディネーター」が存在する世界。
ナチュラルのコーディネータへの妬みから、迫害されたコーディネータはプラントと呼ばれるスペースコロニーを建造（？）し独立を宣言する。
しかし、ナチュラル（地球軍）はこの独立を認めず、C.E.70.2.11、コーディネーターが生活する農業用プラント（スペースコロニー）に核ミサイルを撃ち込む。
この事件は「血のバレンタイン」と呼ばれ、地球軍とコーディネーター（ザフト軍）の本格的武力衝突へと発展した。
誰もが疑わなかった数で勝る地球軍の勝利。が、当初の予測は大きく裏切られ、戦局は疲弊したまま時だけが過ぎ去っていった………
コーディネーターであるが中立国家「オーブ」の資源衛星「ヘリオポリス」でナチュラルと共に生活をしていた「キラ＝ヤマト」は、ザフト軍がヘリオポリスへ襲撃してきた為、学校の仲間と共にこの戦争に巻き込まれていく。
そして、ザフト軍には幼い頃の親友「アスラン＝ザラ」の姿が………
キラとアスラン、親友同士でありながら戦わねばならなくなった２人……………
戦場に響くラクスの歌、カガリの祈り、フレイの想い………
今、２人の運命の輪が廻りだす………何の為に戦うのか？ 平和とは何か？
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