MS-DOSスタブの後には、オフセット0x3cで指定されたオフセットに、ファイルがPE形式のイメージ ファイルであることを識別するための4バイトのシグネチャが置かれます。この形式はWin32、Posix on Windows NT、およびWindows NTの一部のデバイスドライバで使用されます。現在、このシグネチャは"PE\0\0" (文字"P"と"E"の後に2つのヌル文字)です。