ここで言うエフェクトとは、リバーブやコーラスのことではありません。
MODではパンの設定やピッチスライドのなどのことをエフェクトと言います。
MIDIで言うコントロールチェンジに近いですね。
＜前述した通り、ここの「800」になっている部分がエフェクトを入力する個所です。ここに数字を入れていくわけですが、よく見れば分かる通り、実はこの数字は３桁ではなくて１桁＋２桁という形になっています。
これは、１桁目がエフェクトの種類、後の２桁はそのエフェクトの値というように分けられているためです。
たとえば、この例の「800」ですが、分けて考えると「8」とその値である「00」になっているというわけです。この「8」はパンの設定という意味の数字です。
まさにMIDIで言うコントロール10ですね。
そして、「00」という値は一番左です。
つまり、「800」は「一番左のパンで音を鳴らすよ」ということなのです。ほかにもさまざまなエフェクト（コントロール）がありますが、基本的な形はいっしょです。
ほかのエフェクトを知りたいときは、
XMフォーマットのエフェクト表
ITフォーマットのエフェクト表を参考にしてください。
また、MODPLUGTrackerでは、入力ペインをダブルクリックすることで、リストボックスでエフェクトを選択できます。
慣れてしまうと直に打ち込みますが、慣れるまではこちらを使うとわかりやすいです。