私のパソコン環境はOSがwindows98、ソフトはPhotoshop5.0jを使用しています。後はスキャナーがあればこれ以外の環境でも応用できるかも。
1.線画をスキャナーで取り込む。
1-1. フォトショップを起動する。
1-2.  メニューバーの「ファイル(F)」から「読み込み(M)」、それから「TWAIN_32対応機器からの入力」を選択する。
1-3.  スキャナーのウィンドウが出てくるので、一度「プレビュー」をしてからグレースケールで「スキャン」する。
(解像度はプリンタに出す場合は150から200dpi、印刷用にするなら350dpiあればよいので取り込むときはそれより50dpi多くして取り込むと良)
1-4.  スキャンするとフォトショップ画面上に線画が現れるのでスキャナーの画面を閉じる。

そうして取込んだばかりの画像が左図です。

 初めからモノクロ2階調で画像を取込めるようでしたらペン入れしたイラストを取込んだ方が後の作業が楽です。

 なお、モノクロ2階調ですとレイヤー(アニメのセルみたいな物)の作成やカラーの着色が出来ません。

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