具体的な侵入者への対抗策は以下。
２･･･索敵部屋は、索敵範囲内の飛天石出口の正確な位置がわかる部屋です。一応索敵範囲に入ってない出口も大まかな位置は分かりますが、過信すると痛い目に遭うのでやはりあった方が嬉しい部屋。索敵範囲は部屋を中心にして能力に応じて広がっていくので、仙窟の中央付近に作るのが理想（一応ね）。因みに敵部隊の位置は索敵に関係なくアイコンで確認できます。
３･･･飛天石出口を破壊するのが間に合わず、敵の侵入を許してしまった場合は、直接排除するのが基本になります。部屋・通路関わらず、同じブロックに入った場合戦闘になり、「主人公のパーティーで戦う場合」と「仙獣パーティーに戦ってもらう場合」があります。自分で戦った場合は仙窟パートのタイマーは一旦停止し、戦闘モードになります。戦闘ブロックから逃亡するか、敵を倒すかするまでは、他の場所では時間は経っていない訳です。これに対して、仙獣パーティーが戦闘に突入してもタイマーは止まりません。複数の仙獣パーティーがあちこちで戦闘を開始する事もあります。運搬や修理を目的としたパーティーが戦闘に突入すると、足止めを食う形になってしまうので、自分もそこに向かって一緒に戦うのも手です。
４･･･直接戦闘状態に入らずとも、侵入者にダメージを与える事は可能です。まずは攻撃部屋。読んで字のごとく、侵入者が部屋に入ると攻撃してくれます。強化する事でより大ダメージを与える攻撃もしてくれるようになります。肝心の部屋に入ってくれないと意味が無いのが難点ですが、この部屋で直接戦闘をすると攻撃機能がサポートしてくれるのでかなり有利です。
５･･･侵入者撃退の補助其の二、あちこちにトラップを設置してダメージを与える事が可能です。トラップは攻撃部屋で作られます。引っかかりやすいものの威力は低く効果範囲も狭いもの、その反対、両者の中間、とバリエーションがありますので、状況に応じて設置するのが良いでしょう。設置できる場所に制限はありませんが数量制限があります。要所要所に仕掛けるのが肝心。
このように、索敵部屋・攻撃部屋は戦闘の補助として機能する部屋でしかなく、仙窟運営にどうしても必要なものという訳ではありません。仙窟の規模が大きくならないうちはあまり考えすぎず、生産・練丹・召喚部屋だけを作成し、最低限の機能を死守すればＯＫ。それだけでは物足りなくなってからが本当の仙窟活龍大戦です。
因みに特殊な侵入者としてシナリオキャラクターというのがいます。シナリオ毎に決められた特定の条件を満たすと、それぞれ目的を持って仙窟にやってくる侵入者で、主人公が直接向かい打たなければなりません。
他にも戦闘をしなければならない場面として「大地に棲みついた邪精を退治する」「特定の目的で仙窟以外の場所に出向いて戦う」というケースがあります。様々なアクションを駆使して勇者を追い払う洞仙ライフを満喫しましょう。